Les déchets banals des établissements de soins (médecine humaine et vétérinaire, hôpitaux, cliniques publics et privés) doivent être différenciés selon leur lieu de production en trois catégories initiales :

• les déchets d'activités de soins ou assimilés présentant un risque infectieux du fait qu'ils contiennent des micro-organismes susceptibles de causer des maladies (les seringues, les compresses souillées, les déchets piquants ou coupants destinés à l'abandon, les produits sanguins à usage thérapeutique, les déchets anatomiques humains non reconnaissables) ;
• les pièces anatomiques d'origine humaine, reconnaissables par un non spécialiste,
• les déchets assimilables aux ordures ménagères, mais produits dans l'établissement, par exemple : journaux, déchets de cuisine…

Les déchets assimilables aux ordures ménagères sont collectés et éliminés avec les déchets ménagers.

Ainsi, le tri se limite à trois catégories de déchets, et ne demeurent fondamentalement que trois filières d'élimination :

• la filière des déchets à risques,
• la filière des pièces anatomiques reconnaissables, identique à celle des corps des personnes décédées,
• la filière des déchets domestiques assimilables aux ordures ménagères.

Le décret n°97-1048 du 06 novembre 1997, relatif à l'élimination des déchets d'activité de soins à risques infectieux et assimilés et les pièces anatomiques, ainsi que les articles 87 à 89 du Règlement Sanitaire Départemental (en vigueur jusqu'à la publication des arrêtés d'application du décret n°97-1048) définissent les modalités pour le conditionnement , la collecte, le transport et l'élimination des déchets contaminés.

Le décret sus mentionné précise que les déchets à risques infectieux et assimilés doivent être collectés dans des emballages à usage unique. Le conditionnement, le marquage et le transport sont soumis aux dispositions relatives au transport des matières dangereuses. Il précise que l'élimination de ces déchets doit se faire, soit par incinération, soit par prétraitement dans des appareils de désinfection, de telle façon qu'ils puissent être éliminés par les communes, selon les procédés appliqués aux déchets ménagers, auquel cas le compostage de ces déchets est exclu. Les appareils de désinfection, comme le stipule le décret, doivent être agréés par arrêtés conjoints du ministre chargé du Travail, de la Santé et de l'environnement.

L'incinération, procédé d'élimination le plus couramment utilisé, peut-être réalisée soit dans un incinérateur spécifique, généralement à l'extérieur de l'hôpital, soit dans une usine d'incinération des déchets ménagers et assimilés adaptée, sous réserve de conditions de transport et d'introduction particulières conformes aux arrêtés du 23 août 1989 et du 25 janvier 1991.

Dans tous les cas, ces installations doivent être autorisées par arrêté préfectoral et respecter les normes d'émission prévues par l'Arrêté du 25 janvier 1991 relatif aux usines d'incinération des ordures ménagères. A terme, elles devront respecter les normes plus strictes de la Directive Européenne du 16 décembre 1994 concernant l'incinération des déchets dangereux qui a été retranscrite en droit français par l'arrêté du 10 octobre 1996 " relatif aux installations d'incinération et aux installations de co-incinération de certains déchets industriels spéciaux ".

Les déchets assimilables aux ordures ménagères suivent, pour leur part, les mêmes filières de traitement que les ordures ménagères de la commune où est implanté l'établissement producteur. Certains établissements commencent à mettre en place un tri des matériaux recyclables tels que le verre ou le carton.
Le plan régional d'élimination des déchets d'activités de soins de Lorraine, approuvé par arrêté préfectoral et élaboré sous l'égide de la Commission du Plan, fixe les grandes orientations de gestion des déchets hospitaliers pour les 10 prochaines années.